التهاب القولون التقرحي هو مرض مناعي ذاتي، أي أنَّ الجهاز المناعي، يقوم بمهاجمة الأنسجة السليمة بالخطأ.
الجهاز المناعي يظن أنَّ البكتيريا الغير ضارة في القولون تسبب خطراً، لذلك يقوم بمهاجمة أنسجة القولون مسبباً التهاباً.
ولا يُعرف سبب تصرف جهاز المناعة بهذه الطريقة لكن أغلب الخبراء يظنون أنَّ السبب مزيج من العوامل الجينية والبيئية.
يمكن أن يصيب التهاب القولون التقرحي الناس في جميع الأعمار، لكنه عادةً ما يُشخص في الناس بين الـ 15 والـ 25 من العمر. ويُصاب عادةً الناس البيض من الأصل الأوروبيّ (خصوصاً اليهود الأشكناز)، والناس ذوي البشرة السوداء بشكل أكبر، فيما هو نادر عند الآسويين (والسبب أيضاً غير معروف).
أما بين النساء والرجال فهم متساوون من ناحية معدل الإصابة.
